Qigang Chen naît à Shanghai en 1951 dans un milieu artistique, au sein d’une famille cultivée. Bercé par le son du erhu (violon traditionnel chinois) joué par son père et du piano classique dont jouait sa sœur, il étudie tout naturellement la musique dès son plus jeune âge. À 13 ans, il entre au Conservatoire central de musique de Pékin, apprend la clarinette, devient soliste d’un orchestre symphonique et commence à écrire des arrangements pour ses amis. Lorsqu’éclate la révolution culturelle chinoise, son père, alors administrateur de l’Académie des beaux-arts de Pékin, peintre et calligraphe célèbre, est immédiatement jugé « bourgeois », « antirévolutionnaire » et envoyé dans un camp de travail. Qigang Chen, quant à lui, est gardé au confinement durant trois ans et subit une rééducation idéologique dans un camp au sud de Pékin. Cependant, sa passion pour la musique demeure intacte et il continue d’apprendre l’écriture, l’orchestration et la composition par correspondance, en dépit de la pression sociale et de la politique anti-culturelle. Pour subvenir à ses besoins, de 1975 à 1978, il dirige et compose pour le Zhejiang Symphony Orchestra.
En 1977, le gouvernement chinois rétablit le système de concours d’entrée dans les écoles supérieures. Qigang Chen est alors l’un des vingt-six candidats, parmi deux mille, à réussir l’examen d’entrée du Conservatoire central de musique de Pékin. Durant cinq ans, de 1978 à 1983, il étudie la composition avec Luo Zhonghong. En 1983, il participe au concours national supérieur et termine premier à l’issue de treize examens. Il devient ainsi professeur assistant d’écriture musicale au Conservatoire central de Pékin ; s’ouvre alors à lui l’opportunité de partir à l’étranger et de poursuivre ses études de troisième cycle en composition. C’est ainsi qu’il découvre la France, où il réside depuis 1984.
Durant quatre ans, il étudie en cours privé auprès d’Olivier Messiaen (1984-1988) et travaille également avec Ivo Malec, Betsy Jolas, Claude Ballif et Claude Castérède. Le Souvenir (1985) exprime son sentiment personnel à son arrivée en France et illustre un traitement de la couleur harmonique avec superpositions de matériaux tels les modes de Messiaen et la gamme pentatonique. En 1986, il est lauréat du Concours international de composition Buffet Crampon avec Yi, une pièce pour clarinette et quatuor à cordes. Cette pièce, la première primée en France, s’appuie sur les techniques contemporaines européennes, notamment celles de Ligeti et se rapproche de l’esprit d’avant-garde occidental. En 1987, il suit le stage de composition de l’Ircam ainsi que celui de l’Académie Chigiana de Sienne avec Franco Donatoni. La même année, il compose Voyage d’un rêve, un sextet commandé par Radio France, dans lequel il prend certaines libertés d’écriture, utilise beaucoup la gamme pentatonique ainsi que la réitération d’un thème lyrique. Diplômé en composition de l’École normale de musique de Paris, à l’unanimité et avec les félicitations du jury en 1988, Qigang Chen remporte également le prix « Stipendienpries » du trente-quatrième festival d’été de Darmstadt et il est lauréat du vingt-septième concours international de composition symphonique de la ville de Trieste. Il obtient ensuite en 1989 le diplôme de musicologie de l’Université de Paris IV-Sorbonne avec la mention très bien et se voit décerner une bourse de la Fondation Nadia et Lili Boulanger.
À partir de 1990, il s’éloigne de l’univers musical parisien, s'imprègne de ses voyages à travers le monde et impose son style personnel. Déjà avec Yuan, une œuvre symphonique, commande de Radio France en 1988, signifiant « Origine », il propose une profonde réflexion sur une médiation entre les idées musicales de l’Occident et de l’Orient. Yuan marque ainsi un pas décisif vers un langage expressif et spontané. De même, réagissant aux évènements tragiques de Tiananmen, il compose Poème lyrique II, associant un poème chinois du XIème siècle, une voix traitée dans le style récitatif de l’opéra de Pékin et un ensemble orchestral occidental. La presse chinoise le désigne « Musicien de l’année » en 1990, il se voit décerner le prix Hervé Dugardin de la Sacem en 1991 et les commandes d’État s’enchaînent : Feu d’ombres pour saxophone et quatorze instruments (1990), Concerto pour flûte et orchestre (1991). Stagiaire à l’Ircam de 1991 à 1993, il compose Rêve d’un solitaire, qui est sa seule œuvre réalisée avec des outils électroniques et informatiques, le compositeur préférant les possibilités de la palette orchestrale.  
La renommée de Qigang Chen s’internationalise, il participe à des jurys de concours au Japon, à Taiwan. En 1995, une série de concerts « Portrait de Qigang Chen » est organisée par le Centre culturel international d’échange chinois à Pékin et à Shanghai, avec le concours de l’AFAA (association française d’action artistique), de la Sacem et de l’ambassade française. Suivent deux concertos : Extase pour hautbois et orchestre (1995) et Reflet d’un temps disparu pour violoncelle et orchestre (1996), dans lesquels Qigang Chen se base sur des mélodies préexistantes qu’il développe. Ces œuvres révèlent une forte identité culturelle marquée par un retour vers des matériaux musicaux et des styles traditionnels et lettrés de Chine.
Consultant artistique pour le festival Présences 1996 à Radio France, Qigang Chen crée San Xiao pour instruments traditionnels chinois, œuvre inspirée d’une pièce de théâtre traditionnelle. En 1997, il est compositeur en résidence et professeur au Centre Acanthes, puis président du jury du neuvième Concours international de composition de Besançon (1998) et membre du jury du Concours international de composition de Hong Kong (1999).
Dans ses compositions, Qigang Chen réussit l'alliance de la pensée chinoise et des concepts musicaux européens, l'union de deux cultures. Il fait souvent coexister des temps différents ainsi que des éléments de tradition et de modernité. Son sens des couleurs instrumentales et le réel lyrisme qu’il introduit dans ses œuvres retiennent l’attention du public et de la critique. Iris dévoilée (2001), suite concertante pour grand orchestre, trois voix de femmes et trois instruments traditionnels chinois inspirée du ballet épouses et concubines, mêle l’instrumentation et la couleur vocale des deux cultures à travers neuf parties exprimant l’insondable richesse et la plénitude de la diversité féminine.
Les créations et commandes s’enchaînent tout au long de sa carrière, en France, en Europe, en Asie et aux États-Unis. Ainsi, alors que Qigang Chen est directeur musical de la cérémonie d’ouverture des Jeux olympiques de Pékin en 2008, la création de sa pièce You and me, pour voix et piano, est suivie par des millions de téléspectateurs. L’année suivante, sur un autre continent, son concerto pour piano et orchestre Er Huang (2009) est créé au Carnegie Hall de New York par Lang Lang et le Juilliard Orchestra.
Sa carrière et ses compositions sont couronnées en 2010 par un Golden Records.