Marie-Hélène Bernard est née en 1953 à Nancy. Elle suit des études scientifiques (maîtrise de mathématiques), puis se tourne tardivement vers des études musicales au sein des universités de Pau, Paris VIII et Paris IV. Jean Schwarz lui enseigne la musique électroacoustique à l'École nationale de musique de Gennevilliers et Serge Ortéga la composition à l’École nationale de musique de Pantin. Elle est également l'élève de Christian Accaoui en écriture et analyse. Elle approfondit ses connaissances auprès de Pascal Dusapin lorsqu'elle est stagiaire au centre Acanthes, puis auprès de Bernard Cavanna à l'Atem.
Marie-Hélène Bernard est attirée par l'Orient. En 2000, elle soutient à l'université de Paris VIII un mémoire de maîtrise en musicologie sur L'influence des cultures asiatiques sur les compositeurs occidentaux de la seconde moitié du vingtième siècle. Elle poursuit son travail à la Sorbonne et en 2002, elle présente un mémoire de DEA en musique et musicologie du XXe siècle, sous la direction de Jean-Yves Bosseur, s'intitulant L'émergence d'une génération de compositeurs en Chine Continentale après la Révolution culturelle. En 2003, elle est lauréate de la « Villa Médicis hors les murs » et séjourne ainsi en Chine. Elle enregistre les sons de Pékin, se nourrit des traditions orientales et approfondit sa connaissance des instruments traditionnels. Cette même année, elle est aussi conseillère scientifique pour l’exposition « Alors la Chine ? » du Centre Pompidou. Marie-Hélène Bernard prépare actuellement, dans la continuité de ses recherches, une thèse sur les compositeurs chinois d'aujourd’hui.

Marie-Hélène Bernard a produit de nombreux documentaires radiophoniques à France Culture pour l'« Atelier de création radiophonique », « Surpris par la nuit » ou encore les « Chemins de la musique », et à Arte-Radio. Elle a obtenu une bourse d'aide à la création radiophonique de la SCAM (société civile des auteurs multimédia) en 1992 et en 2003. Elle crée aussi des environnements sonores pour des expositions comme Le train du génome ou en collaboration avec des photographes (Y. Lambert, Jane Atwood). Actuellement, Marie-Hélène Bernard est chargée d'enseignement au CFMI de Lille et partage son temps entre son activité de compositrice et d’artiste sonore, l’enseignement et ses recherches universiataires. Elle s’intéresse aussi ces dernières années à la création pour les enfants, comme dans C’est l’heure pour ensemble instrumental et deux classes du primaire pour les « Chantiers de la création » de l’Orchestre national de Lyon.

Ses compositions reflètent son parcours et ses aspirations. Elle écrit ainsi des œuvres instrumentales : Kirkük pour trois hautbois et clarinette basse (1991) ; Mallku pour ensemble instrumental, créé par l'ensemble Ensemble Musique oblique en 1992 ; Lusigando pour hautbois et clavecin (2007), créé lors des rencontres contemporaines de Saint-Privat d’Allier. Les œuvres mixtes sont également bien représentées dans sa production : Corail de nuit pour cor et bande (1989) ; Dans les plis de la caverne pour tuba avec traitements en temps réel et sons fixés, créé en 2001 par Gérard Buquet lors du cycle Multiphonies de Radio France ; Les ailes du phénix pour orgue à bouche sheng et live électronique (2009) ; Sul Pontile pour quatuor et électronique (2010). Ses œuvres pour bande témoignent de son goût pour la captation de paysages sonores et leur transformation : L'étoile bédouine (2000) ; Mousson (2002) et pour la multi-diffusion : Gexin/cœur de pigeon (2005). Marie-Hélène Bernard compose en outre des œuvres radiophoniques : Au jardin des délices (1993) ; Il ne faut pas désespérer des neak ta (1995) ; Barbès-Stalingrad : ya rayi ! (2000) ; Au jardin des tarots (2002), Le divan de Monsieur Huo (2005).
Marie-Hélène Bernard sollicite également les arts littéraires, notamment la poésie. Hirondelles pour récitante et électroacoustique (2008) se base ainsi sur Essere rondire, poème de l’italien Mario Luzi, et Tchernoziom pour deux voix, clarinette basse et sons fixés (2007) sur des poèmes de Ma Desheng. Précédemment, elle a écrit des œuvres sur des poèmes de Jacques Roubaud (Avalon, 1994 ; Les animaux de tout le monde, 1995), ainsi que sur des textes de Michel Butor (Angkor, 1995) et d’Homère (Kyklopia, 1999).
Son très fort attrait pour l'Asie se retrouve à la fois dans ses titres évocateurs (Des journées entières sur le Mékong, 1997 ; Palanche pour cymbalum, 1997) et dans le subtil mélange et la confrontation qu'elle réalise entre instruments occidentaux et instruments traditionnels chinois : Lushan pour erhu, basson et clavecin (2000) ; En gravissant le mont Lu pour erhu, viole de gambe et clavecin (2001) ; Lu Chen pour cithare guqin, voix de femme et ensemble instrumental (2004), créé par Dai Xiaolian et l'ensemble Aleph au Théâtre Dunois.
Le concert multimédia Une seconde est un monde (2009) présente, entre Est et Ouest, un jeu de piste poétique, musical, pictural et sonore au cœur de l'univers de Ma Desheng, peintre, calligraphe et poète chinois vivant à Paris. On retrouve dans cette œuvre, synthèse de son art, des passages de relais, frottements, glissements, enchevêtrements : du parlé au chanté, du français au mandarin ; des sons de la clarinette, de l'accordéon, des percussions à ceux de la cithare, de l'orgue à bouche et de la vièle à deux cordes. Une seconde est un monde réunit ainsi créateurs occidentaux (Marie-Hélène Bernard et l’ensemble Aleph) et orientaux (Ma Desheng et les musiciens du conservatoire de Shanghaï) dans une fresque artistique totale.